含有害離子肥料：氯化銨、氯化鉀化肥，含有大量有害的氯離子，施入土壤后產生水溶性化合物，會燒種燒苗；硝酸銨、硝酸鉀等肥料，含有硝酸根離子，對種子發芽有嚴重影響，故不宜用作種肥。

含有毒害作用的肥料：尿素中含有2%左右的縮二尿，對種子和幼苗會產生毒害作用。而且含氮量高的尿素分子也會滲入種子蛋白質分子結構中使蛋白質變性，對種子和幼根產生毒害。

含有揮發腐蝕性的肥料：碳銨、氨水等，有強烈的揮發性，易熏傷種子和幼苗。普鈣含有5%以上的游離態硫酸和磷酸，對種子發芽和幼苗生長會產生危害，一般不宜作種肥。